東部生物經濟中心

為解決目前東部地區六級產業化推動之瓶頸，同時肩負帶動統整地方產業之資源，以發揮產官學界之產學合作統合之任務，以有效協助地方之推動生物相關產業，設置東部生物經濟中心，成立宗旨係為推動東部地區六級產業化，強化東部產官學界單位與國立臺東大學於生物相關產業之產學合作與人才培育。
為解決目前六級產業化推動之瓶頸，於產學創新園區建置國立臺東大學食品生技工廠，以作為臺東特色產品試量產與產業化之基地，並作為重要的現代化生技產業人才培育之實習與教育訓練場域。

南島文化中心

原住民教育研究與社會發展中心成立之目的是配合國家教育政策，回應原住民族教育法、終身教育法與實驗教育法，以文化回應為理念，建立具有立論基礎之原住民族教育體系與終身學習機制，關照社會變遷下之原住民族社會發展議題，落實社會正義與民族自主權力，奠定以原住民族為核心思維之教育體系與社會發展之民主、人權、公平正義社會。

原住民族教育與社會發展研究中心

為推動臺灣原住民族與世界南島民族社會文化相關之教學、研究、傳播、應用與交流,，設置南島文化中心，藉由本中心達成整合臺東地區校內外的相關資源，積極推動臺灣原住民族以及世界南島民族的文化與傳播相關研究、應用與教育推廣，發展目標朝向以臺東作為臺灣與世界南島文化與傳播學術和應用推廣之重鎮邁進。