產學營運暨推廣教育處為本校一級行政單位，目前主要負責整體產學創新園區之營運及管理，設立初期下轄創新育成中心及推廣教育中心兩中心，並於109年度增設實習商店二級單位，三個單位相關任務如下：
創新育成中心
主要透過學校各領域優秀的師資及軟硬體設備資源，提供在地中小企業之養成培育，透過學養豐富的專家學者與產業界的密切合作，滿足廠商在新技術新產品的研發和商務經營管理等多方面需求，達成孕育企業成長與整合運用高等人力資源的目標，降低中小企業在創業初期與產業轉型的風險，協助企業成長與發展。
推廣教育中心
擔負起在地民眾的在職教育及終生教育之責任，提供更專業、更多元的課程給在地民眾，以成為台東地區產業發展訓練的領導者為目標，擁有最專業的師資及場域，提供職業訓練及提升專業人力素質，協助政府部門、公私營企業、協會，或是一般民眾，只要有開課或訓練需求，都可以協助辦理。
實習商店
實習商店成立則是配合東部生物經濟中心食品生技工廠，在工廠協助廠商進行試製及試產後，實習商店則協助產業六級化的最後一哩路－試銷，透過建置雙實體店面，協助測試產品是否具備市場性，並將顧客建議，有效的回饋給廠商，達到一個循環改善的機制。